La fin du monde est proche : le Grand Déluge arrive. Heureusement, Noé a construit une Arche pour y accueillir tous les animaux. Tous… sauf Dave et son fils Finny, qui appartiennent à la race des Nestrians – de curieuses et adorables créatures que personne n'a jugé utile d'inviter à bord de l'Arche.

Grâce à l'aide involontaire de deux farouches Grymps, Hazel et sa fille Leah, les Nestrians parviennent à embarquer discrètement. Mais, au moment du départ, Finny et Leah tombent accidentellement du bateau… Ils vont dès lors devoir s'unir pour échapper au Déluge et survivre dans un monde hostile et peuplé de prédateurs sauvages.