Shaun est un petit mouton futé qui travaille, avec son troupeau, pour un fermier myope à la ferme Mossy Bottom, sous l'autorité de Bitzer, chien de berger dirigiste mais bienveillant et inefficace. La vie est belle, globalement, mais un matin, en se réveillant, Shaun se dit que sa vie n'est que contraintes. Il décide de prendre un jour de congé, avec pour cela un plan qui consiste à endormir le fermier. Mais son plan fonctionne un peu trop bien et il perd rapidement le contrôle de la situation.
Une chose en entraînant une autre, tout le troupeau se retrouve pour la première fois bien loin de la ferme et plus précisément : dans la grande ville. Mais comment un mouton peut-il survivre en ville ? Comment éviter d'être reconnus comme étant des moutons, et donc éviter les griffes acérées de Trumper le terrifiant responsable de la fourrière ? Leur journée sera une course à 100 à l'heure, pleine d'aventures incroyables – et très drôles. Quand il rencontre un petit chien orphelin nommé Slip, qui rêve d'avoir des parents, Shaun réalise qu'il serait bien plus heureux avec sa famille de moutons, à la ferme.