Variants Kappa et Delta du SARS-CoV-2

Nombre de séquençages B.1.617 par pays au 21 Avril 2021.
Legend:

>100 séquences confirmées

2–99 séquences confirmées

1 séquences confirmées

Absence ou absence de donnée

Les variants B.1.617, nommés aussi G / 452R. V3 et surnommé fréquemment variant indien, sont des variants du SARS-CoV-2. Ils sont identifiés pour la première fois dans le Maharashtra, en Inde le 5 octobre 2020. Ils sont identifiés dans le clade 20A sous le système de classification phylogénétique Nextstrain. La sous-lignée B.1.617.1 est nommée variant Kappa par l'OMS, et la sous-lignée B.1.617.2, variant Delta.

« Double mutant »

Détecté le 5 octobre 2020 près de Nagpur en Inde, le variant B.1.617 présente 15 mutations dont deux affectent le domaine de liaison de la protéine spiculaire :

• L452R, détectée chez les variants B.1.427/B.1.429 (Californie) ;
• E484Q, affectant le même acide aminé que la mutation E484K des variants sud-africains et brésiliens.

Ces deux dernières mutations sont préoccupantes car elles pourraient lui permettre d'échapper aux anticorps (post-infection ou vaccinaux). Elles lui valent le qualificatif — impropre — de « double mutant ».

Le 10 mai 2021, ce variant a été classé comme « préoccupant » par l'OMS. Des cas de mucormycose sont signalés en Inde chez des patients guéris de la Covid-19. Il semblerait toutefois que ce soit la conjonction d'un diabète de type 2 et d'un traitement à base de corticoïdes affaiblissant le système immunitaire qui favorise l'infection mucorale et non le virus SARS-CoV-2 lui-même.

Propagation

En avril 2021, il s'était propagé à au moins huit pays. Des rapports de terrain le décrivent comme plus contagieux. Ses symptômes seraient différents (on parle de saignements de nez).

Santé publique France écrit le 8 avril 2021 : « Ce variant a été détecté sporadiquement en Angleterre, Allemagne, au Canada et à Singapour. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe. »

Fin avril, il s'avère que ce variant circule aux Fidji. Il y a été apporté par deux patients rapatriés d'Inde. Un soldat en centre de quarantaine a alors été contaminé en touchant leurs bagages. Il a ensuite contaminé une femme de ménage, qui n'a pas informé les autorités de signes cliniques de sa maladie et s'est déplacée librement en dehors du centre de quarantaine, contaminant de nombreuses autres personnes.

Le 29 avril 2021, l'agence régionale de santé de Nouvelle-Aquitaine annonce que le variant indien a été détecté pour la première fois en France, dans le département du Lot-et-Garonne, sur un patient revenu d'Inde. Le lendemain, la Direction générale de la Santé révèle que deux nouveaux cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône et que d'autres cas suspects sont en cours d'investigation dans d'autres régions, concernant toujours des personnes venues d'Inde.

En mai 2021, certains médias considèrent que le variant dit indien est plus contagieux que le variant dit britannique. Au Royaume-Uni, le variant dit britannique ne représente plus que 90 % des virus qui se propagent contre 10 % pour le variant dit indien.

Au 8 juin 2021, le Royaume-Uni — pour réagir au variant Delta qui supplante les autre variants — recommande officiellement de réduire les déplacements au minimum. En effet, le variant double chaque semaine le nombre de personnes hospitalisées au Royaume-Uni, dont 90% non vaccinées avec deux doses.

En juin 2021, le variant quintuple chaque quinzaine le nombre de personnes flash-testées en France, c'est-à-dire qu'il est multiplié par 2.2 chaque semaine. Le 23 juin 2021, Gabriel Attal, porte-parole du gouvernement, annonce que ce variant représente 9 à 10 % des contaminations en France, mais que ce nombre est bien plus élevé dans le département des Landes où il atteint 70 %.

Toutefois, en France, on recherche des mutations plutôt que des variants. Le 28 juin, la mutation L452R apparaît dans 25,8 % des tests.

Problématique liée à la vaccination

Le professeur J-F Delfraissy le 9 juin 2021 a évalué le taux de reproduction R0 à 7,5. Le vaccin le plus efficace connu est le Pfizer avec un taux d'efficacité de 88 %. Le taux d’immunité collective nécessaire est de 1-1/r0 soit 87 %. D’autres vaccins sont efficaces également mais avec un taux plus faible d’efficacité. Avec un vaccin efficace à 88 %, le taux de vaccination nécessaire passe à 87%/88% soit 98 % de vaccination de la population nécessaire pour atteindre les 87 % d’immunité collective^{[réf. souhaitée]}.