« Autophagie » : différence entre les versions

Navigation interactive dans l’historique

Contenu supprimé Contenu ajouté

Intégrés

Dernière version du 10 mai 2024 à 03:11

L’autophagie (du grec αυτο : « soi-même » et φαγειν « manger »), autolyse ou autophagocytose, est un mécanisme physiologique, intracellulaire, de protection et de recyclage d'éléments cellulaires : les organites indésirables ou endommagés, un pathogène introduit dans la cellule, des protéines mal repliées... sont ainsi collectés et transportés vers les lysosomes pour être dégradés. Une partie du cytoplasme est ainsi recyclée par ses propres lysosomes^[1]. Ce mécanisme est aussi une source d’énergie et d’acides aminés en conditions stressantes pour la cellule, comme l’hypoxie, le manque de nutriments (jeûne) ou l’exposition à des traitements médicamenteux^[2]^,^[3].

Le terme autophagie regroupe plusieurs voies de dégradation lysosomale des constituants cellulaires. Ces voies diffèrent surtout par le site de séquestration du « fret » et par le type et la taille de la « cargaison » concernée^[4]. Elles sont notamment la microautophagie, l’autophagie réalisée par des protéines chaperonnes et la macroautophagie (la forme principale)^[5]^,^[6].
La macroautophagie, appelée couramment autophagie, est la capture dans une double membrane lipidique (appelée « autophagosome ») de protéines ou composés cellulaires, puis la dégradation de ces composés après fusion avec un lysosome. C’est la seule voie qui puisse dégrader massivement des macromolécules et des organites. C’est une voie de dégradation alternative à celle du protéasome. En permettant le renouvellement de composants cytoplasmiques endommagés, ce mécanisme est essentiel à l'homéostasie cellulaire et évite parfois l'apoptose.

L'histolyse (du grec ἱστος signifiant « tissu ») désigne le même processus mais quand il est mobilisé par une métamorphose, par exemple chez les amphibiens quand le têtard se transforme en grenouille^[7]. L'histolyse est également présente au cours du développement embryonnaire^[8]. L'autophagie est aussi nécessaire à la réussite de processus de mobilisation de cellules souches totipotentes nécessaires à la régénération d'organes coupés ou endommagés.

Le dysfonctionnement de l'autophagie est source de maladies graves (neurodégénérescence, cancer...)^[4].

Yoshinori Ohsumi a obtenu le prix Nobel de physiologie ou médecine en 2016 pour avoir découvert des marqueurs biologiques de l'autophagie.

Historique[modifier | modifier le code]

Le processus de régénération de la cellule a été découvert par le Belge Christian de Duve en 1963. Ce dernier a créé le terme d'autophagie et reçu le prix Nobel en 1974^[9].

Trente ans plus tard, Yoshinori Ohsumi, grâce à ses expériences sur la levure de boulanger, montre que les mêmes mécanismes peuvent être observés dans le corps humain et qu’ils peuvent, en cas de dysfonctionnement, déclencher certaines maladies comme le cancer, la maladie de Parkinson, le diabète et certaines maladies génétiques et neurologiques^[9].

Ohsumi a développé des souches de levure dépourvues d'enzymes-clés soupçonnées de jouer un rôle dans l'autophagie, espérant voir ce qu'il advient des cellules lorsque le processus ne fonctionne pas comme il le devrait. En affamant la levure, les scientifiques ont découvert que les cellules développaient des vacuoles inhabituellement grandes, jouant un rôle de « décharges cellulaires » collectant les matériaux à recycler^[10].

En 1993, Ohsumi et son équipe publient la liste des 15 gènes essentiels impliqués dans le processus^[10].

Depuis lors, lui et d'autres ont montré que l'autophagie joue un rôle crucial dans le développement de l'embryon, la différenciation des cellules et le système immunitaire. Une défaillance de l'autophagie peut entraîner une grande variété de maladies, notamment le cancer, le diabète et la maladie de Huntington. Un système d'autophagie sain est lié à la longévité et un système défectueux peut accélérer les symptômes du vieillissement^[10].

La découverte des gènes Atg (autophagy related genes) dans la levure, au milieu des années 1990, a été importante, non seulement pour la dissection en termes moléculaires de la macroautophagie, mais aussi pour comprendre son importance en physiologie et en physiopathologie. Il existe plus de trente gènes Atg dont plus de la moitié est impliquée dans l’autophagie. Ces gènes sont présents aussi bien dans la levure que dans les cellules de mammifères^{[réf. nécessaire]}.

Mode de fonctionnement[modifier | modifier le code]

Les cinq étapes de l'autophagie sont l'initiation, la nucléation, l'expansion, la maturation puis la dégradation.

Au plan cellulaire, la macroautophagie, la forme principale^[11], débute par la formation d’une double membrane phospholipidique dans la cellule, dite phagophore, qui s’allonge, séquestre des constituants du cytoplasme avant de se refermer sur elle-même. L’autophagosome ainsi formé va ensuite fusionner avec un lysosome pour dégrader les composés capturés. Plusieurs compartiments cellulaires (le réticulum endoplasmique, l'appareil de Golgi et le réseau trans-golgien formant le système endomembranaire) et la membrane plasmique participeraient probablement à la formation de l’autophagosome.
Une quinzaine de protéines Atg sont nécessaires à sa biogenèse.

Mécanisme moléculaire[modifier | modifier le code]

Le déroulement du processus autophagique repose essentiellement sur deux systèmes de conjugaison, analogues aux systèmes d'ubiquitination des protéines :

le premier conjugué, formé des protéines Atg5-Atg12, permet le recrutement du deuxième complexe sur l'autophagosome en formation, puis est recyclé vers le cytosol.
le deuxième résulte de la conjugaison de la protéine Atg8 (MAP-LC3 chez les mammifères) à la phosphatidyléthanolamine (PE) et s’incorpore dans la membrane du pré-autophagosome. LC3 existe donc sous forme cytosolique (LC3-I) ou associé au phagosome (LC3-II = Atg8-PE). LC3-II pourrait jouer une fonction structurale permettant l’élongation et la formation de l’autophagosome mature et il constitue un marqueur cellulaire d'identification des autophagosomes.

L'autophagie sélective de constituants cellulaires est réalisée grâce à des protéines-cargos, notamment SQSTM1/p62. p62 se lie aux protéines et composés ubiquitinés et les fixe/séquestre à la membrane du phagophore grâce à sa liaison avec LC3-II^[12]. p62 est dégradé une fois que l'autophagosome a fusionné avec un lysosome, ce qui fait de lui un bon marqueur pour estimer l'activité autophagique de la cellule^[13].

Déclenchement[modifier | modifier le code]

L’autophagie peut être stimulée en conditions de stress, telles que la carence en nutriments, l’absence de facteurs de croissance ou l’hypoxie. La protéine mTOR (mammalian target of rapamycin) joue un rôle-clé dans l’intégration de ces signaux et la régulation de l’autophagie. Lorsqu’elle est activée, mTor inhibe la voie de l’autophagie mais son inactivation (à la suite d'une carence en nutriments, par exemple) permet de lever l'inhibition et donc de lancer l’autophagie. Cette enzyme est la cible de la rapamycine (une drogue classiquement utilisée pour induire l’autophagie). Une autre voie déclenchant l'autophagie fait intervenir le complexe Atg6 (aussi appelé Bécline 1)/PI3 kinase de classe III. Ce complexe participe à l’induction de l’autophagie, à l’incurvation du pré-autophagosome et à la formation de l’autophagosome.

Rôles physiologiques[modifier | modifier le code]

L’autophagie joue un rôle important dans :

le maintien de l’homéostasie car cette voie catabolique permet l’élimination et le remplacement continuel des protéines et des organites non fonctionnels ;
l’adaptation et la survie des cellules soumises à des conditions de stress ;
l’immunité innée à l’échelle de la cellule car elle permet de directement éliminer des pathogènes intracellulaires, y compris des virus intrus (on parle alors de « virophagie ») ; l'autophagie est liée à la présentation d'antigènes bactériens ou viraux, à l'aptitude de cellules immunitaires et contribue à inhiber des réactions inflammatoires excessives^[14]
l'immunité adaptative car la dégradation des protéines par autophagie génère des peptides qui seront ensuite présentés sur le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) ;
le vieillissement cellulaire. En effet, l'autophagie des mitochondries, appelée mitophagie, permet la recyclage des mitochondries dysfonctionnelles^[15] , lesquelles génèrent notamment du stress oxydatif causant des dommages à la cellule. Par ce biais, elle a un rôle protecteur contre le vieillissement cellulaire^[16].
le fonctionnement des neurones. Les mitochondries étant particulièrement actives dans ces cellules, leur renouvellement joue un rôle essentiel pour empêcher un stress oxydatif trop important et la dégénérescence^[17]^,^[18].

Rôle contre les virus[modifier | modifier le code]

Le virus est obligé d'utiliser le matériel cellulaire pour se faire dupliquer. L'autophagie (virophagie) est l'une des voies majeures de la défense de l'organisme (unicellulaire ou pluricellulaire) contre les virus.

Certains virus ont cependant, au cours de l'évolution ou en co-évolulant avec leur hôte, développé des mécanismes de contournement de l'immunité, dont en inhibant le processus autophagique ou en lui échappant.

Certains virus (coronavirus par exemple)^[19] exploitent même tout ou partie du mécanisme d'autophagie pour leur réplication. Quand c'est le cas, l'autophagie pourrait peut-être devenir l'une des cibles d'interventions thérapeutiques nouvelles, comme l'ont proposé Didac Carmona-Gutierrez & al. (2020) dans le cadre de la lutte médicamenteuse contre le SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de Covid-19^[14].

Rôle dans le cancer[modifier | modifier le code]

L’identification de molécules impliquées dans le contrôle et l’exécution de l’autophagie a mis en lumière une étroite relation entre l’autophagie et la progression tumorale. Les cellules cancéreuses présentaient généralement une capacité autophagique plus réduite que les cellules normales. Le rôle anti-tumoral de l’autophagie est suggéré par son implication dans la réduction de l’instabilité chromosomique, de la prolifération et de l’inflammation des cellules tumorales. L’autophagie peut aussi être un mécanisme pro-tumoral en permettant la survie des cellules tumorales exposées à des variations de leur micro-environnement (hypoxie, carence nutritionnelle…). Le processus autophagique est induit en réponse à divers traitements anti-cancéreux. Cette réponse peut s'avérer être un mécanisme permettant la survie des cellules, ou favorisant et amplifiant la mort induite par ces traitements.

Une étude publiée en 2018 montre que le jeûne intermittent peut protéger les cellules normales de la toxicité des agents anticancéreux, en réduisant les effets secondaires chez les patients et en augmentant les effets néfastes de la chimiothérapie, de la radiothérapie et de la thérapie ciblée sur les cellules tumorales^[20].

Rôle contre les maladies neurodégénératives[modifier | modifier le code]

Une caractéristique commune à de nombreuses maladies neurodégénératives est l’accumulation de protéines mutées ou toxiques et leur agrégation dans le cytoplasme. Ces maladies sont désignées sous le terme de « protéinopathies » et comprennent notamment la maladie de Huntington, la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson ou la maladie de Machado-Joseph (SCA-3). Ces agrégats de protéines anormales se formeraient, par exemple, à la suite d'une diminution de l’activité du protéasome. Leur présence entraîne une augmentation de cette autophagie induite qui, dans les premiers stades de la maladie, est assez efficace pour assurer leur élimination. Cependant, à un stade plus avancé, l’autophagie induite n’est plus suffisante et des inclusions protéiques se forment dans les cellules ; la stimulation de l’autophagie (par un agent pharmacologique) pourrait s’avérer efficace pour éliminer ces inclusions et ainsi lutter contre la neurodégénérescence^[21]. Des perturbations initiales de la voie autophagique ont aussi été étudiées, par exemple dans le cas de la maladie de Machado-Joseph, avec la mise en évidence d'un niveau insuffisant de la protéine bécline 1 ^[22].

Notes et références[modifier | modifier le code]

↑ (en) NY Lin, C Beyer, A Gießl et al., « Autophagy regulates TNFα-mediated joint destruction in experimental arthritis », Ann. Rheum. Dis.,‎ septembre 2012 (PMID 22975756, DOI 10.1136/annrheumdis-2012-201671, lire en ligne).
↑ (en) Michael N. Moore, J. Icarus Allen et Paul J. Somerfield, « Autophagy: Role in surviving environmental stress », Marine Environmental Research, vol. 62,‎ janvier 2006, S420–S425 (DOI 10.1016/j.marenvres.2006.04.055, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)
↑ (en) Noboru Mizushima, Akitsugu Yamamoto, Makoto Matsui et Tamotsu Yoshimori, « In Vivo Analysis of Autophagy in Response to Nutrient Starvation Using Transgenic Mice Expressing a Fluorescent Autophagosome Marker », Molecular Biology of the Cell, vol. 15, n^o 3,‎ mars 2004, p. 1101–1111 (ISSN 1059-1524 et 1939-4586, PMID 14699058, PMCID PMC363084, DOI 10.1091/mbc.e03-09-0704, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)
↑ ^{a et b} (en) Sahar Abo ElFadl, « AUTOPHAGY; Recent Advances in Health and Disease », Journal of Medical Histology, vol. 2, n^o 1,‎ 1^er juin 2018, p. 1–10 (ISSN 2536-930X, DOI 10.21608/jmh.2018.5225.1040, lire en ligne, consulté le 25 mars 2020)
↑ (en) J Lee, S Giordano et J Zhang, « Autophagy, mitochondria and oxidative stress: cross-talk and redox signalling », Biochem. J., vol. 441, n^o 2,‎ janvier 2012, p. 523–540 (PMID 22187934, PMCID 3258656, DOI 10.1042/BJ20111451, lire en ligne).
↑ (en) Mizushima N, Ohsumi Y, Yoshimori T, « Autophagosome formation in mammalian cells », Cell Struct. Funct., décembre 2002 (PMID 12576635), p. 421–429.
↑ D. L. Stocum, « Amphibian Regeneration and Stem Cells », dans Regeneration: Stem Cells and Beyond, vol. 280, Springer Berlin Heidelberg, 2004 (ISBN 978-3-642-62321-9, DOI 10.1007/978-3-642-18846-6_1, lire en ligne), p. 1–70
↑ (en) F.J. Edwards, « Development and histolysis of the indirect flight muscles in Dysdercus intermedius », Journal of Insect Physiology, vol. 15, n^o 9,‎ septembre 1969, p. 1591–1599 (DOI 10.1016/0022-1910(69)90179-6, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)
↑ ^{a et b} « Nobel de médecine : mais qu'est-ce que l'autophagie ? », sur France Culture, 3 octobre 2016 (consulté le 26 novembre 2020)
↑ ^{a b et c} (en) Science News StaffOct. 3 et 2016, « Nobel honors discoveries on how cells eat themselves », sur Science | AAAS, 3 octobre 2016 (consulté le 26 novembre 2020)
↑ (en) B Levine, N Mizushima et HW Virgin, « Autophagy in immunity and inflammation », Nature, vol. 469, n^o 7330,‎ janvier 2011, p. 323–335 (PMID 21248839, PMCID 3131688, DOI 10.1038/nature09782).
↑ (en) Serhiy Pankiv, Terje Høyvarde Clausen, Trond Lamark et Andreas Brech, « p62/SQSTM1 Binds Directly to Atg8/LC3 to Facilitate Degradation of Ubiquitinated Protein Aggregates by Autophagy », Journal of Biological Chemistry, vol. 282, n^o 33,‎ 17 août 2007, p. 24131–24145 (ISSN 0021-9258 et 1083-351X, PMID 17580304, DOI 10.1074/jbc.M702824200, lire en ligne, consulté le 26 janvier 2020)
↑ Karolina Pircs, Peter Nagy, Agnes Varga et Zsolt Venkei, « Advantages and Limitations of Different p62-Based Assays for Estimating Autophagic Activity in Drosophila », PLoS ONE, vol. 7, n^o 8,‎ 31 août 2012 (ISSN 1932-6203, PMID 22952930, PMCID 3432079, DOI 10.1371/journal.pone.0044214, lire en ligne, consulté le 26 janvier 2020)
↑ ^{a et b} Didac Carmona-Gutierrez et Maria A. Bauer, « Digesting the crisis: autophagy and coronaviruses », sur Microbial Cell, 4 mai 2020 (PMID 32391393, PMCID PMC7199282, DOI 10.15698/mic2020.05.715, consulté le 22 mai 2020), p. 119–128
↑ (en) Sarah Pickles, Pierre Vigié et Richard J. Youle, « Mitophagy and Quality Control Mechanisms in Mitochondrial Maintenance », Current Biology, vol. 28, n^o 4,‎ février 2018, R170–R185 (DOI 10.1016/j.cub.2018.01.004, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)
↑ (en) Ruoyang Shi, Matthew Guberman et Lorrie A. Kirshenbaum, « Mitochondrial quality control: The role of mitophagy in aging », Trends in Cardiovascular Medicine, vol. 28, n^o 4,‎ mai 2018, p. 246–260 (DOI 10.1016/j.tcm.2017.11.008, lire en ligne, consulté le 26 janvier 2020)
↑ (en) Elayne M. Fivenson, Sofie Lautrup, Nuo Sun et Morten Scheibye-Knudsen, « Mitophagy in neurodegeneration and aging », Neurochemistry International, vol. 109,‎ octobre 2017, p. 202–209 (PMID 28235551, PMCID PMC5565781, DOI 10.1016/j.neuint.2017.02.007, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)
↑ (en) H. Chen et D. C. Chan, « Mitochondrial dynamics-fusion, fission, movement, and mitophagy-in neurodegenerative diseases », Human Molecular Genetics, vol. 18, n^o R2,‎ 15 octobre 2009, R169–R176 (ISSN 0964-6906 et 1460-2083, PMID 19808793, PMCID PMC2758711, DOI 10.1093/hmg/ddp326, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)
↑ (en) Eleanor M. Cottam et Helena J. Maier, « Coronavirus nsp6 proteins generate autophagosomes from the endoplasmic reticulum via an omegasome intermediate », sur Autophagy, novembre 2011 (ISSN 1554-8627, PMID 21799305, PMCID PMC3242798, DOI 10.4161/auto.7.11.16642, consulté le 22 mai 2020), p. 1335–1347
↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6257056//
↑ Mathieu Bourdenx et Benjamin Dehay, « Autophagie et cerveau: Le cas des maladies neurodégénératives », médecine/sciences, vol. 33, n^o 3,‎ mars 2017, p. 268–274 (ISSN 0767-0974 et 1958-5381, DOI 10.1051/medsci/20173303013, lire en ligne, consulté le 26 mai 2021)
↑ (en) Isabel Nascimento-Ferreira, Tiago Santos-Ferreira, Lígia Sousa-Ferreira et Gwennaëlle Auregan, « Overexpression of the autophagic beclin-1 protein clears mutant ataxin-3 and alleviates Machado–Joseph disease », Brain, vol. 134, n^o 5,‎ 1^er mai 2011, p. 1400–1415 (ISSN 0006-8950, DOI 10.1093/brain/awr047, lire en ligne, consulté le 5 septembre 2020)

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]

Bibliographie[modifier | modifier le code]

Zhangyuan Yin et Clarence Pascual, « Autophagy: machinery and regulation », sur Microbial Cell, 5 décembre 2016 (PMID 28357331, PMCID PMC5348978, DOI 10.15698/mic2016.12.546, consulté le 22 mai 2020), p. 588–596
(en) Tobias Eisenberg et Heide Knauer, « Induction of autophagy by spermidine promotes longevity », sur Nature Cell Biology, novembre 2009 (ISSN 1465-7392, DOI 10.1038/ncb1975, consulté le 22 mai 2020), p. 1305–1314
(en) Didac Carmona-Gutierrez et Andreas Zimmermann, « The flavonoid 4,4′-dimethoxychalcone promotes autophagy-dependent longevity across species », sur Nature Communications, décembre 2019 (ISSN 2041-1723, PMID 30783116, PMCID PMC6381180, DOI 10.1038/s41467-019-08555-w, consulté le 22 mai 2020), p. 651

Portail de la biologie cellulaire et moléculaire

[Lin2012-1] (en) NY Lin, C Beyer, A Gießl et al., « Autophagy regulates TNFα-mediated joint destruction in experimental arthritis », Ann. Rheum. Dis.,‎ septembre 2012 (PMID 22975756, DOI 10.1136/annrheumdis-2012-201671, lire en ligne).

[2] (en) Michael N. Moore, J. Icarus Allen et Paul J. Somerfield, « Autophagy: Role in surviving environmental stress », Marine Environmental Research, vol. 62,‎ janvier 2006, S420–S425 (DOI 10.1016/j.marenvres.2006.04.055, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)

[3] (en) Noboru Mizushima, Akitsugu Yamamoto, Makoto Matsui et Tamotsu Yoshimori, « In Vivo Analysis of Autophagy in Response to Nutrient Starvation Using Transgenic Mice Expressing a Fluorescent Autophagosome Marker », Molecular Biology of the Cell, vol. 15, n^o 3,‎ mars 2004, p. 1101–1111 (ISSN 1059-1524 et 1939-4586, PMID 14699058, PMCID PMC363084, DOI 10.1091/mbc.e03-09-0704, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)

[Abo2020-4] {a et b} (en) Sahar Abo ElFadl, « AUTOPHAGY; Recent Advances in Health and Disease », Journal of Medical Histology, vol. 2, n^o 1,‎ 1^er juin 2018, p. 1–10 (ISSN 2536-930X, DOI 10.21608/jmh.2018.5225.1040, lire en ligne, consulté le 25 mars 2020)

[Lee12-5] (en) J Lee, S Giordano et J Zhang, « Autophagy, mitochondria and oxidative stress: cross-talk and redox signalling », Biochem. J., vol. 441, n^o 2,‎ janvier 2012, p. 523–540 (PMID 22187934, PMCID 3258656, DOI 10.1042/BJ20111451, lire en ligne).

[Yoshimori2002-6] (en) Mizushima N, Ohsumi Y, Yoshimori T, « Autophagosome formation in mammalian cells », Cell Struct. Funct., décembre 2002 (PMID 12576635), p. 421–429.

[7] D. L. Stocum, « Amphibian Regeneration and Stem Cells », dans Regeneration: Stem Cells and Beyond, vol. 280, Springer Berlin Heidelberg, 2004 (ISBN 978-3-642-62321-9, DOI 10.1007/978-3-642-18846-6_1, lire en ligne), p. 1–70

[8] (en) F.J. Edwards, « Development and histolysis of the indirect flight muscles in Dysdercus intermedius », Journal of Insect Physiology, vol. 15, n^o 9,‎ septembre 1969, p. 1591–1599 (DOI 10.1016/0022-1910(69)90179-6, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)

[:0-9] {a et b} « Nobel de médecine : mais qu'est-ce que l'autophagie ? », sur France Culture, 3 octobre 2016 (consulté le 26 novembre 2020)

[:1-10] {a b et c} (en) Science News StaffOct. 3 et 2016, « Nobel honors discoveries on how cells eat themselves », sur Science | AAAS, 3 octobre 2016 (consulté le 26 novembre 2020)

[Levine11-11] (en) B Levine, N Mizushima et HW Virgin, « Autophagy in immunity and inflammation », Nature, vol. 469, n^o 7330,‎ janvier 2011, p. 323–335 (PMID 21248839, PMCID 3131688, DOI 10.1038/nature09782).

[12] (en) Serhiy Pankiv, Terje Høyvarde Clausen, Trond Lamark et Andreas Brech, « p62/SQSTM1 Binds Directly to Atg8/LC3 to Facilitate Degradation of Ubiquitinated Protein Aggregates by Autophagy », Journal of Biological Chemistry, vol. 282, n^o 33,‎ 17 août 2007, p. 24131–24145 (ISSN 0021-9258 et 1083-351X, PMID 17580304, DOI 10.1074/jbc.M702824200, lire en ligne, consulté le 26 janvier 2020)

[13] Karolina Pircs, Peter Nagy, Agnes Varga et Zsolt Venkei, « Advantages and Limitations of Different p62-Based Assays for Estimating Autophagic Activity in Drosophila », PLoS ONE, vol. 7, n^o 8,‎ 31 août 2012 (ISSN 1932-6203, PMID 22952930, PMCID 3432079, DOI 10.1371/journal.pone.0044214, lire en ligne, consulté le 26 janvier 2020)

[GC_&_B-14] {a et b} Didac Carmona-Gutierrez et Maria A. Bauer, « Digesting the crisis: autophagy and coronaviruses », sur Microbial Cell, 4 mai 2020 (PMID 32391393, PMCID PMC7199282, DOI 10.15698/mic2020.05.715, consulté le 22 mai 2020), p. 119–128

[15] (en) Sarah Pickles, Pierre Vigié et Richard J. Youle, « Mitophagy and Quality Control Mechanisms in Mitochondrial Maintenance », Current Biology, vol. 28, n^o 4,‎ février 2018, R170–R185 (DOI 10.1016/j.cub.2018.01.004, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)

[16] (en) Ruoyang Shi, Matthew Guberman et Lorrie A. Kirshenbaum, « Mitochondrial quality control: The role of mitophagy in aging », Trends in Cardiovascular Medicine, vol. 28, n^o 4,‎ mai 2018, p. 246–260 (DOI 10.1016/j.tcm.2017.11.008, lire en ligne, consulté le 26 janvier 2020)

[17] (en) Elayne M. Fivenson, Sofie Lautrup, Nuo Sun et Morten Scheibye-Knudsen, « Mitophagy in neurodegeneration and aging », Neurochemistry International, vol. 109,‎ octobre 2017, p. 202–209 (PMID 28235551, PMCID PMC5565781, DOI 10.1016/j.neuint.2017.02.007, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)

[18] (en) H. Chen et D. C. Chan, « Mitochondrial dynamics-fusion, fission, movement, and mitophagy-in neurodegenerative diseases », Human Molecular Genetics, vol. 18, n^o R2,‎ 15 octobre 2009, R169–R176 (ISSN 0964-6906 et 1460-2083, PMID 19808793, PMCID PMC2758711, DOI 10.1093/hmg/ddp326, lire en ligne, consulté le 13 janvier 2020)

[19] (en) Eleanor M. Cottam et Helena J. Maier, « Coronavirus nsp6 proteins generate autophagosomes from the endoplasmic reticulum via an omegasome intermediate », sur Autophagy, novembre 2011 (ISSN 1554-8627, PMID 21799305, PMCID PMC3242798, DOI 10.4161/auto.7.11.16642, consulté le 22 mai 2020), p. 1335–1347

[20] ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6257056//

[21] Mathieu Bourdenx et Benjamin Dehay, « Autophagie et cerveau: Le cas des maladies neurodégénératives », médecine/sciences, vol. 33, n^o 3,‎ mars 2017, p. 268–274 (ISSN 0767-0974 et 1958-5381, DOI 10.1051/medsci/20173303013, lire en ligne, consulté le 26 mai 2021)

[22] (en) Isabel Nascimento-Ferreira, Tiago Santos-Ferreira, Lígia Sousa-Ferreira et Gwennaëlle Auregan, « Overexpression of the autophagic beclin-1 protein clears mutant ataxin-3 and alleviates Machado–Joseph disease », Brain, vol. 134, n^o 5,‎ 1^er mai 2011, p. 1400–1415 (ISSN 0006-8950, DOI 10.1093/brain/awr047, lire en ligne, consulté le 5 septembre 2020)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

@@ Ligne 2 : / Ligne 2 : @@
 [[Fichier:macroautophagie.jpg|vignette|droite|upright=1.0|Mécanisme de l'autophagie.]]
-L’'''autophagie''' (du [[grec ancien|grec]] {{grec ancien|αυτο}} : {{citation|soi-même}}, et {{grec ancien|φαγειν}} {{citation|manger}}), '''[[autolyse]]''' ou '''autophagocytose''', est un mécanisme physiologique, intracellulaire, de protection et de recyclage d'éléments cellulaires : les organites indésirables ou endommagés, un pathogène introduit dans la cellule, des protéines mal repliées... sont ainsi collectés et transportés vers les [[lysosome]]s pour être dégradés. Une partie du [[cytoplasme]] est ainsi recyclé par ses propres [[lysosome]]s<ref name="Lin2012">{{Article |langue=en |auteur1=NY Lin |auteur2=C Beyer |auteur3=A Gießl |et al.=oui |titre=Autophagy regulates TNFα-mediated joint destruction in experimental arthritis |journal=Ann. Rheum. Dis. |mois=Septembre |année=2012 |pmid=22975756 |doi=10.1136/annrheumdis-2012-201671 |url=http://ard.bmj.com/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=22975756 }}.</ref>.
+L’'''autophagie''' (du [[grec ancien|grec]] {{grec ancien|αυτο}} : {{citation|soi-même}} et {{grec ancien|φαγειν}} {{citation|manger}}), '''[[autolyse]]''' ou '''autophagocytose''', est un mécanisme physiologique, intracellulaire, de protection et de recyclage d'éléments cellulaires : les organites indésirables ou endommagés, un pathogène introduit dans la cellule, des [[Repliement des protéines|protéines mal repliées]]... sont ainsi collectés et transportés vers les [[lysosome]]s pour être dégradés. Une partie du [[cytoplasme]] est ainsi recyclée par ses propres [[lysosome]]s<ref name="Lin2012">{{Article |langue=en |auteur1=NY Lin |auteur2=C Beyer |auteur3=A Gießl |et al.=oui |titre=Autophagy regulates TNFα-mediated joint destruction in experimental arthritis |journal=Ann. Rheum. Dis. |mois=Septembre |année=2012 |pmid=22975756 |doi=10.1136/annrheumdis-2012-201671 |url=http://ard.bmj.com/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=22975756 }}.</ref>.
-Ce mécanisme est aussi une source d’énergie et d’[[Acide aminé|acides aminés]] dans des conditions stressantes pour la cellule, comme l’[[hypoxie]], le manque de [[Nutriment|nutriments]] ou l’exposition à des traitements médicamenteux<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Michael N. |nom1=Moore |prénom2=J. Icarus |nom2=Allen |prénom3=Paul J. |nom3=Somerfield |titre=Autophagy: Role in surviving environmental stress |périodique=Marine Environmental Research |volume=62 |date=2006-01 |doi=10.1016/j.marenvres.2006.04.055 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0141113606000754 |consulté le=2020-01-13 |pages=S420–S425 }}</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Noboru |nom1=Mizushima |prénom2=Akitsugu |nom2=Yamamoto |prénom3=Makoto |nom3=Matsui |prénom4=Tamotsu |nom4=Yoshimori |titre=In Vivo Analysis of Autophagy in Response to Nutrient Starvation Using Transgenic Mice Expressing a Fluorescent Autophagosome Marker |périodique=Molecular Biology of the Cell |volume=15 |numéro=3 |date=2004-03 |issn=1059-1524 |issn2=1939-4586 |pmid=14699058 |pmcid=PMC363084 |doi=10.1091/mbc.e03-09-0704 |lire en ligne=https://www.molbiolcell.org/doi/10.1091/mbc.e03-09-0704 |consulté le=2020-01-13 |pages=1101–1111 }}</ref>.
+Ce mécanisme est aussi une source d’énergie et d’[[Acide aminé|acides aminés]] en conditions stressantes pour la cellule, comme l’[[hypoxie]], le manque de [[Nutriment|nutriments]] ([[jeûne]]) ou l’exposition à des traitements médicamenteux<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Michael N. |nom1=Moore |prénom2=J. Icarus |nom2=Allen |prénom3=Paul J. |nom3=Somerfield |titre=Autophagy: Role in surviving environmental stress |périodique=Marine Environmental Research |volume=62 |date=2006-01 |doi=10.1016/j.marenvres.2006.04.055 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0141113606000754 |consulté le=2020-01-13 |pages=S420–S425 }}</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Noboru |nom1=Mizushima |prénom2=Akitsugu |nom2=Yamamoto |prénom3=Makoto |nom3=Matsui |prénom4=Tamotsu |nom4=Yoshimori |titre=In Vivo Analysis of Autophagy in Response to Nutrient Starvation Using Transgenic Mice Expressing a Fluorescent Autophagosome Marker |périodique=Molecular Biology of the Cell |volume=15 |numéro=3 |date=2004-03 |issn=1059-1524 |issn2=1939-4586 |pmid=14699058 |pmcid=PMC363084 |doi=10.1091/mbc.e03-09-0704 |lire en ligne=https://www.molbiolcell.org/doi/10.1091/mbc.e03-09-0704 |consulté le=2020-01-13 |pages=1101–1111 }}</ref>.
-Le terme ''autophagie'' regroupe plusieurs voies de [[Maladie lysosomale|dégradation lysosomale]] des constituants cellulaires. Ces voies diffèrent surtout par le site de séquestration du "fret" et par le type et la taille de la "cargaison" concernée<ref name=Abo2020/>. Elles sont notamment la microautophagie, l’autophagie réalisée par des protéines chaperonnes, et la macroautophagie (la forme principale)<ref name="Lee12">{{Article |langue=en |auteur1=J Lee |auteur2=S Giordano |auteur3=J Zhang |titre=Autophagy, mitochondria and oxidative stress: cross-talk and redox signalling |journal=Biochem. J. |volume=441 |numéro=2 |mois=Janvier |année=2012 |pmid=22187934 |pmcid=3258656 |doi=10.1042/BJ20111451 |url=http://www.biochemj.org/bj/441/0523/bj4410523.htm |pages=523–540 }}.</ref>{{,}}<ref name="Yoshimori2002">{{lien web|langue=en|auteur=Mizushima N, Ohsumi Y, Yoshimori T|titre={{lang|en|Autophagosome formation in mammalian cells}}|url=http://joi.jlc.jst.go.jp/JST.JSTAGE/csf/27.421?from=PubMed|mois=Décembre|année=2002|pmid=12576635|pages=421–429|journal={{lang|en|Cell Struct. Funct.}}|volume=27|issue=6}}.</ref>.
+Le terme ''autophagie'' regroupe plusieurs voies de [[Maladie lysosomale|dégradation lysosomale]] des constituants cellulaires. Ces voies diffèrent surtout par le site de séquestration du « fret » et par le type et la taille de la « cargaison » concernée<ref name=Abo2020/>. Elles sont notamment la microautophagie, l’autophagie réalisée par des protéines chaperonnes et la macroautophagie (la forme principale)<ref name="Lee12">{{Article |langue=en |auteur1=J Lee |auteur2=S Giordano |auteur3=J Zhang |titre=Autophagy, mitochondria and oxidative stress: cross-talk and redox signalling |journal=Biochem. J. |volume=441 |numéro=2 |mois=Janvier |année=2012 |pmid=22187934 |pmcid=3258656 |doi=10.1042/BJ20111451 |url=http://www.biochemj.org/bj/441/0523/bj4410523.htm |pages=523–540 }}.</ref>{{,}}<ref name="Yoshimori2002">{{lien web|langue=en|auteur=Mizushima N, Ohsumi Y, Yoshimori T|titre={{lang|en|Autophagosome formation in mammalian cells}}|url=http://joi.jlc.jst.go.jp/JST.JSTAGE/csf/27.421?from=PubMed|mois=Décembre|année=2002|pmid=12576635|pages=421–429|périodique={{lang|en|Cell Struct. Funct.}}|volume=27|issue=6}}.</ref>.
-<br>La macroautophagie, appelée couramment autophagie, est la capture dans une double membrane lipidique (appelé "autophagosome"), de protéines ou composés cellulaires, puis la dégradation de ces composés après fusion avec un lysosome. C’est la seule voie qui puisse dégrader massivement des [[Macromolécule|macromolécules]] et des [[Organite|organites.]] C’est une voie de dégradation alternative à celle du [[protéasome]]. En permettant le renouvellement de composants cytoplasmiques endommagés, ce mécanisme est essentiel à l'[[Homéostasie|homéostasie cellulaire]] et parfois d'éviter l'[[apoptose]].
+<br>La macroautophagie, appelée couramment autophagie, est la capture dans une double membrane lipidique (appelée « autophagosome ») de protéines ou composés cellulaires, puis la dégradation de ces composés après fusion avec un lysosome. C’est la seule voie qui puisse dégrader massivement des [[Macromolécule|macromolécules]] et des [[Organite|organites.]] C’est une voie de dégradation alternative à celle du [[protéasome]]. En permettant le renouvellement de composants cytoplasmiques endommagés, ce mécanisme est essentiel à l'[[Homéostasie|homéostasie cellulaire]] et évite parfois l'[[apoptose]].
-L''''histolyse''' (du grec {{grec ancien|ἱστος}} signifiant « tissu ») est le même processus, mais intervenant lors d'une [[Métamorphose (biologie)|métamorphose]], il est utile à l'organisme (par exemple, les [[amphibia|amphibiens]]<ref>{{Chapitre|prénom1=D. L.|nom1=Stocum|titre chapitre=Amphibian Regeneration and Stem Cells|titre ouvrage=Regeneration: Stem Cells and Beyond|volume=280|éditeur=Springer Berlin Heidelberg|date=2004|isbn=978-3-642-62321-9|doi=10.1007/978-3-642-18846-6_1|lire en ligne=http://link.springer.com/10.1007/978-3-642-18846-6_1|consulté le=2020-01-13|passage=1–70}}</ref>). L'histolyse est également présente au cours du développement embryonnaire<ref>{{Article |langue=en |prénom1=F.J. |nom1=Edwards |titre=Development and histolysis of the indirect flight muscles in Dysdercus intermedius |périodique=Journal of Insect Physiology |volume=15 |numéro=9 |date=1969-09 |doi=10.1016/0022-1910(69)90179-6 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0022191069901796 |consulté le=2020-01-13 |pages=1591–1599 }}</ref>.
+L''''histolyse''' (du grec {{grec ancien|ἱστος}} signifiant « tissu ») désigne le même processus mais quand il est mobilisé par une [[Métamorphose (biologie)|métamorphose]], par exemple chez les [[amphibia|amphibiens]] quand le têtard se transforme en grenouille<ref>{{Chapitre|prénom1=D. L.|nom1=Stocum|titre chapitre=Amphibian Regeneration and Stem Cells|titre ouvrage=Regeneration: Stem Cells and Beyond|volume=280|éditeur=Springer Berlin Heidelberg|date=2004|isbn=978-3-642-62321-9|doi=10.1007/978-3-642-18846-6_1|lire en ligne=http://link.springer.com/10.1007/978-3-642-18846-6_1|consulté le=2020-01-13|passage=1–70}}</ref>. L'histolyse est également présente au cours du développement embryonnaire<ref>{{Article |langue=en |prénom1=F.J. |nom1=Edwards |titre=Development and histolysis of the indirect flight muscles in Dysdercus intermedius |périodique=Journal of Insect Physiology |volume=15 |numéro=9 |date=1969-09 |doi=10.1016/0022-1910(69)90179-6 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0022191069901796 |consulté le=2020-01-13 |pages=1591–1599 }}</ref>. L'autophagie est aussi nécessaire à la réussite de processus de mobilisation de [[cellules souches]] [[Totipotence|totipotentes]] nécessaires à la régénération d'organes coupés ou endommagés.
 Le dysfonctionnement de l'autophagie est source de maladies graves ([[Maladie neurodégénérative|neurodégénérescence]], [[cancer]]...)<ref name=Abo2020>{{Article |langue=en |prénom1=Sahar |nom1=Abo ElFadl |titre=AUTOPHAGY; Recent Advances in Health and Disease |périodique=Journal of Medical Histology |volume=2 |numéro=1 |date=2018-06-01 |issn=2536-930X |doi=10.21608/jmh.2018.5225.1040 |lire en ligne=https://jmh.journals.ekb.eg/article_26771.html |consulté le=2020-03-25 |pages=1–10}}</ref>.
-[[Yoshinori Ohsumi]] obtient le [[prix Nobel de physiologie ou médecine]] en 2016 pour avoir découvert des [[Biomarqueur|marqueurs biologiques]] de l'autophagie.
+[[Yoshinori Ohsumi]] a obtenu le [[prix Nobel de physiologie ou médecine]] en 2016 pour avoir découvert des [[Biomarqueur|marqueurs biologiques]] de l'autophagie.
 == Historique ==
-La découverte des [[gène Atg|gènes Atg]] (''{{lang|en|autophagy related genes}}''), au milieu des [[années 1990]] chez la levure a été importante, non seulement pour la dissection en termes moléculaires de la macroautophagie, mais aussi pour comprendre son importance en [[physiologie]] et [[physiopathologie]]. Il existe plus de trente gènes Atg dont plus de la moitié est impliquée dans l’autophagie. Ces gènes sont présents aussi bien dans la levure que dans les cellules de mammifères.
+Le processus de régénération de la cellule a été découvert par le Belge [[Christian de Duve]] en [[1963]]. Ce dernier a créé le terme d'autophagie et reçu le prix Nobel en [[1974]]<ref name=":0">{{Lien web |langue=fr |titre=Nobel de médecine : mais qu'est-ce que l'autophagie ? |url=https://www.franceculture.fr/sciences/nobel-de-medecine-mais-quest-ce-que-lautophagie |site=France Culture |date=2016-10-03 |consulté le=2020-11-26}}</ref>.
+Trente ans plus tard, [[Yoshinori Ohsumi]], grâce à ses expériences sur la [[levure de boulanger]], montre que les mêmes mécanismes peuvent être observés dans le corps humain et qu’ils peuvent, en cas de dysfonctionnement, déclencher certaines maladies comme le [[cancer]], la [[maladie de Parkinson]], le [[diabète]] et certaines [[maladies génétiques]] et [[Maladie neurologique|neurologiques]]<ref name=":0" />.
+Ohsumi a développé des souches de levure dépourvues d'[[Enzyme|enzymes]]-clés soupçonnées de jouer un rôle dans l'autophagie, espérant voir ce qu'il advient des cellules lorsque le processus ne fonctionne pas comme il le devrait. En affamant la levure, les scientifiques ont découvert que les cellules développaient des [[Vacuole|vacuoles]] inhabituellement grandes, jouant un rôle de « décharges cellulaires » collectant les matériaux à recycler<ref name=":1">{{Lien web |langue=en |prénom=Science News |nom=StaffOct. 3 |nom2=2016 |titre=Nobel honors discoveries on how cells eat themselves |url=https://www.sciencemag.org/news/2016/10/nobel-honors-discoveries-how-cells-eat-themselves |site=Science {{!}} AAAS |date=2016-10-03 |consulté le=2020-11-26}}</ref>.
+En 1993, Ohsumi et son équipe publient la liste des 15 gènes essentiels impliqués dans le processus<ref name=":1" />.
+Depuis lors, lui et d'autres ont montré que l'autophagie joue un rôle crucial dans le [[Embryogenèse humaine|développement de l'embryon]], la différenciation des cellules et le [[système immunitaire]]. Une défaillance de l'autophagie peut entraîner une grande variété de maladies, notamment le [[cancer]], le [[diabète]] et la [[maladie de Huntington]]. Un système d'autophagie sain est lié à la [[longévité]] et un système défectueux peut accélérer les symptômes du [[vieillissement]]<ref name=":1" />.
+La découverte des [[gène Atg|gènes Atg]] (''{{lang|en|autophagy related genes}}'') dans la levure, au milieu des [[années 1990]], a été importante, non seulement pour la dissection en termes moléculaires de la macroautophagie, mais aussi pour comprendre son importance en [[physiologie]] et en [[physiopathologie]]. Il existe plus de trente gènes Atg dont plus de la moitié est impliquée dans l’autophagie. Ces gènes sont présents aussi bien dans la levure que dans les cellules de mammifères{{référence nécessaire}}.
 == Mode de fonctionnement ==
 Les cinq étapes de l'autophagie sont l'initiation, la nucléation, l'expansion, la maturation puis la dégradation.
-Au plan cellulaire, la macroautophagie, la forme principale<ref name="Levine11">{{Article|langue=en |auteur1=B Levine |auteur2=N Mizushima |auteur3=HW Virgin |titre=Autophagy in immunity and inflammation |journal=Nature |volume=469 |numéro=7330 |pages=323–335 |année=2011 |mois=Janvier |pmid=21248839 |pmcid=3131688 |doi=10.1038/nature09782 }}.</ref>, débute par la formation d’une double membrane phospholipidique dans la cellule, dite ''phagophore'', qui s’allonge, séquestre des constituants du cytoplasme avant de se refermer sur elle-même. L’autophagosome ainsi formé va ensuite fusionner avec un lysosome pour dégrader les composés capturées. Plusieurs compartiments cellulaires ([[réticulum endoplasmique]], [[appareil de Golgi]] et réseau trans-golgien formant le [[système endomembranaire]]) et la [[membrane plasmique]] participeraient probablement à la formation de l’autophagosome.
+Au plan cellulaire, la macroautophagie, la forme principale<ref name="Levine11">{{Article|langue=en |auteur1=B Levine |auteur2=N Mizushima |auteur3=HW Virgin |titre=Autophagy in immunity and inflammation |journal=Nature |volume=469 |numéro=7330 |pages=323–335 |année=2011 |mois=Janvier |pmid=21248839 |pmcid=3131688 |doi=10.1038/nature09782 }}.</ref>, débute par la formation d’une double membrane phospholipidique dans la cellule, dite ''phagophore'', qui s’allonge, séquestre des constituants du cytoplasme avant de se refermer sur elle-même. L’autophagosome ainsi formé va ensuite fusionner avec un lysosome pour dégrader les composés capturés. Plusieurs compartiments cellulaires (le [[réticulum endoplasmique]], l'[[appareil de Golgi]] et le réseau trans-golgien formant le [[système endomembranaire]]) et la [[membrane plasmique]] participeraient probablement à la formation de l’autophagosome.
 <br>Une quinzaine de protéines Atg sont nécessaires à sa biogenèse.
 === Mécanisme moléculaire ===
-Le déroulement du processus autophagique repose essentiellement sur deux systèmes de conjugaison analogues aux systèmes d'[[ubiquitination]] des protéines :
+Le déroulement du processus autophagique repose essentiellement sur deux systèmes de conjugaison, analogues aux systèmes d'[[ubiquitination]] des protéines :
 * le premier conjugué, formé des protéines Atg5-Atg12, permet le recrutement du deuxième complexe sur l'autophagosome en formation, puis est recyclé vers le cytosol.
-* le deuxième conjugué résulte de la conjugaison de la protéine Atg8 (MAP-LC3 chez les mammifères) à la phosphatidyléthanolamine (PE) et s’incorpore dans la membrane du pré-autophagosome. LC3 existe donc sous forme cytosolique (LC3-{{I}}) ou associé au phagosome (LC3-{{II}} = Atg8-PE). LC3-{{II}} pourrait jouer une fonction structurale permettant l’élongation et la formation de l’autophagosome mature, et constitue un marqueur cellulaire d'identification des autophagosomes.
+* le deuxième résulte de la conjugaison de la protéine Atg8 (MAP-LC3 chez les mammifères) à la phosphatidyléthanolamine (PE) et s’incorpore dans la membrane du pré-autophagosome. LC3 existe donc sous forme cytosolique (LC3-{{I}}) ou associé au phagosome (LC3-{{II}} = Atg8-PE). LC3-{{II}} pourrait jouer une fonction structurale permettant l’élongation et la formation de l’autophagosome mature et il constitue un marqueur cellulaire d'identification des autophagosomes.
-L'autophagie sélective de constituants cellulaires est réalisée grâce à des protéines cargos, notamment SQSTM1/p62. p62 se lie aux protéines et composés ubiquitinés et les fixent/séquestrent à la membrane du phagophore grâce à sa liaison avec LC3-II.<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Serhiy |nom1=Pankiv |prénom2=Terje Høyvarde |nom2=Clausen |prénom3=Trond |nom3=Lamark |prénom4=Andreas |nom4=Brech |titre=p62/SQSTM1 Binds Directly to Atg8/LC3 to Facilitate Degradation of Ubiquitinated Protein Aggregates by Autophagy |périodique=Journal of Biological Chemistry |volume=282 |numéro=33 |date=2007-08-17 |issn=0021-9258 |issn2=1083-351X |pmid=17580304 |doi=10.1074/jbc.M702824200 |lire en ligne=http://www.jbc.org/content/282/33/24131 |consulté le=2020-01-26 |pages=24131–24145 }}</ref>  p62 est dégradé une fois que l'autophagosome a fusionné avec un lysosome, ce qui fait de lui un bon marqueur pour estimer l'activité autophagique de la cellule<ref>{{Article |prénom1=Karolina |nom1=Pircs |prénom2=Peter |nom2=Nagy |prénom3=Agnes |nom3=Varga |prénom4=Zsolt |nom4=Venkei |titre=Advantages and Limitations of Different p62-Based Assays for Estimating Autophagic Activity in Drosophila |périodique=PLoS ONE |volume=7 |numéro=8 |date=2012-08-31 |issn=1932-6203 |pmid=22952930 |pmcid=3432079 |doi=10.1371/journal.pone.0044214 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3432079/ |consulté le=2020-01-26 }}</ref>.
+L'autophagie sélective de constituants cellulaires est réalisée grâce à des protéines-cargos, notamment SQSTM1/p62. p62 se lie aux protéines et composés ubiquitinés et les fixe/séquestre à la membrane du phagophore grâce à sa liaison avec LC3-II<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Serhiy |nom1=Pankiv |prénom2=Terje Høyvarde |nom2=Clausen |prénom3=Trond |nom3=Lamark |prénom4=Andreas |nom4=Brech |titre=p62/SQSTM1 Binds Directly to Atg8/LC3 to Facilitate Degradation of Ubiquitinated Protein Aggregates by Autophagy |périodique=Journal of Biological Chemistry |volume=282 |numéro=33 |date=2007-08-17 |issn=0021-9258 |issn2=1083-351X |pmid=17580304 |doi=10.1074/jbc.M702824200 |lire en ligne=http://www.jbc.org/content/282/33/24131 |consulté le=2020-01-26 |pages=24131–24145 }}</ref>. p62 est dégradé une fois que l'autophagosome a fusionné avec un lysosome, ce qui fait de lui un bon marqueur pour estimer l'activité autophagique de la cellule<ref>{{Article |prénom1=Karolina |nom1=Pircs |prénom2=Peter |nom2=Nagy |prénom3=Agnes |nom3=Varga |prénom4=Zsolt |nom4=Venkei |titre=Advantages and Limitations of Different p62-Based Assays for Estimating Autophagic Activity in Drosophila |périodique=PLoS ONE |volume=7 |numéro=8 |date=2012-08-31 |issn=1932-6203 |pmid=22952930 |pmcid=3432079 |doi=10.1371/journal.pone.0044214 |lire en ligne=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3432079/ |consulté le=2020-01-26 }}</ref>.
 == Déclenchement ==
-L’autophagie peut être stimulée en conditions de [[stress]], telles que la carence en nutriments, l’absence de facteurs de croissance ou l’[[hypoxie]]. La protéine [[mTOR]] (''{{lang|en|mammalian target of rapamycin}}'') joue un rôle-clé dans l’intégration de ces signaux et la régulation de l’autophagie. Lorsqu’elle est activée, mTor inhibe la voie de l’autophagie, mais son inactivation (à la suite d'une carence en nutriments, par exemple) permet de lever l'inhibition et donc de lancer l’autophagie. Cette [[enzyme]] est la cible de la [[rapamycine]] (une drogue classiquement utilisée pour induire l’autophagie). Une autre voie déclenchant l'autophagie fait intervenir le complexe Atg6 (aussi appelé [[Bécline 1]])/PI3 kinase de {{nobr|classe {{III}}}}. Ce complexe participe à l’induction de l’autophagie, à l’incurvation du pré-autophagosome et à la formation de l’autophagosome.
+L’autophagie peut être stimulée en conditions de [[stress]], telles que la carence en nutriments, l’absence de facteurs de croissance ou l’[[hypoxie]]. La protéine [[mTOR]] (''{{lang|en|mammalian target of rapamycin}}'') joue un rôle-clé dans l’intégration de ces signaux et la régulation de l’autophagie. Lorsqu’elle est activée, mTor inhibe la voie de l’autophagie mais son inactivation (à la suite d'une carence en nutriments, par exemple) permet de lever l'inhibition et donc de lancer l’autophagie. Cette [[enzyme]] est la cible de la [[rapamycine]] (une drogue classiquement utilisée pour induire l’autophagie). Une autre voie déclenchant l'autophagie fait intervenir le complexe Atg6 (aussi appelé [[Bécline 1]])/PI3 kinase de {{nobr|classe {{III}}}}. Ce complexe participe à l’induction de l’autophagie, à l’incurvation du pré-autophagosome et à la formation de l’autophagosome.
 == Rôles physiologiques ==
 L’autophagie joue un rôle important dans :
-* le maintien de l’[[homéostasie]], car cette voie catabolique permet l’élimination et le remplacement continuel des protéines et des organites non fonctionnels ;
+* le maintien de l’[[homéostasie]] car cette voie catabolique permet l’élimination et le remplacement continuel des protéines et des organites non fonctionnels ;
 * l’adaptation et la survie des cellules soumises à des conditions de stress ;
-* l’[[Système immunitaire inné|immunité innée]] à l’échelle de la cellule car elle permet de directement éliminer des pathogènes intracellulaires, y compris des virus intrus (on parle alors de « [[virophagie]] ») ; l'autophagie est liée à la présentation d'antigènes bactériens ou viraux, à l'aptitude de cellules immunitaires et contribue à inhiber des réactions inflammatoires excessives<ref name="GC & B">{{Lien web |nom1=Carmona-Gutierrez |prénom1=Didac |nom2=Bauer |prénom2=Maria A. |titre=Digesting the crisis: autophagy and coronaviruses |url=http://microbialcell.com/researcharticles/2020a-carmona-gutierrez-microbial-cell/ |site=Microbial Cell |date=2020-05-04 |pmid=32391393 |pmcid=PMC7199282 |doi=10.15698/mic2020.05.715 |consulté le=2020-05-22 |page=119–128}}</ref>
+* l’[[Système immunitaire inné|immunité innée]] à l’échelle de la cellule car elle permet de directement éliminer des pathogènes intracellulaires, y compris des virus intrus (on parle alors de « [[virophagie]] ») ; l'autophagie est liée à la présentation d'antigènes bactériens ou viraux, à l'aptitude de cellules immunitaires et contribue à inhiber des réactions inflammatoires excessives<ref name="GC & B">{{Lien web |nom1=Carmona-Gutierrez |prénom1=Didac |nom2=Bauer |prénom2=Maria A. |titre=Digesting the crisis: autophagy and coronaviruses |url=http://microbialcell.com/researcharticles/2020a-carmona-gutierrez-microbial-cell/ |site=[[Microbial Cell]] |date=2020-05-04 |pmid=32391393 |pmcid=PMC7199282 |doi=10.15698/mic2020.05.715 |consulté le=2020-05-22 |page=119–128}}</ref>
-* l’[[Système immunitaire adaptatif|immunité adaptative]] car la dégradation des protéines par autophagie génère des peptides qui seront ensuite présentés sur le [[complexe majeur d'histocompatibilité|complexe majeur d'histocompatibilité (CMH)]] ;
+* l'[[Système immunitaire adaptatif|immunité adaptative]] car la dégradation des protéines par autophagie génère des peptides qui seront ensuite présentés sur le [[complexe majeur d'histocompatibilité|complexe majeur d'histocompatibilité (CMH)]] ;
-* le vieillissement cellulaire. En effet, l'autophagie des [[Mitochondrie|mitochondries]], appelé [[mitophagie]], permet la recyclage des mitochondries dysfonctionnelles<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Sarah |nom1=Pickles |prénom2=Pierre |nom2=Vigié |prénom3=Richard J. |nom3=Youle |titre=Mitophagy and Quality Control Mechanisms in Mitochondrial Maintenance |périodique=Current Biology |volume=28 |numéro=4 |date=2018-02 |doi=10.1016/j.cub.2018.01.004 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S096098221830006X |consulté le=2020-01-13 |pages=R170–R185 }}</ref> qui génère notamment du [[stress oxydant|stress oxydatif]] causant des dommages à la cellule. Par ce biais, elle à un rôle protecteur contre le vieillissement cellulaire<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Ruoyang |nom1=Shi |prénom2=Matthew |nom2=Guberman |prénom3=Lorrie A. |nom3=Kirshenbaum |titre=Mitochondrial quality control: The role of mitophagy in aging |périodique=Trends in Cardiovascular Medicine |volume=28 |numéro=4 |date=2018-05 |doi=10.1016/j.tcm.2017.11.008 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1050173817301809 |consulté le=2020-01-26 |pages=246–260 }}</ref>.
+* le [[Sénescence#Sénescence_cellulaire|vieillissement cellulaire]]. En effet, l'autophagie des [[Mitochondrie|mitochondries]], appelée [[mitophagie]], permet la recyclage des mitochondries dysfonctionnelles<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Sarah |nom1=Pickles |prénom2=Pierre |nom2=Vigié |prénom3=Richard J. |nom3=Youle |titre=Mitophagy and Quality Control Mechanisms in Mitochondrial Maintenance |périodique=Current Biology |volume=28 |numéro=4 |date=2018-02 |doi=10.1016/j.cub.2018.01.004 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S096098221830006X |consulté le=2020-01-13 |pages=R170–R185 }}</ref> , lesquelles génèrent notamment du [[stress oxydant|stress oxydatif]] causant des dommages à la cellule. Par ce biais, elle a un rôle protecteur contre le vieillissement cellulaire<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Ruoyang |nom1=Shi |prénom2=Matthew |nom2=Guberman |prénom3=Lorrie A. |nom3=Kirshenbaum |titre=Mitochondrial quality control: The role of mitophagy in aging |périodique=Trends in Cardiovascular Medicine |volume=28 |numéro=4 |date=2018-05 |doi=10.1016/j.tcm.2017.11.008 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1050173817301809 |consulté le=2020-01-26 |pages=246–260 }}</ref>.
-* le fonctionnement des [[Neurone|neurones]]. Les mitochondries étant particulièrement actives dans ces cellules, leur renouvellement joue un rôle essentiel pour empêcher un stress oxydatif trop important, et la dégénérescence<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Elayne M. |nom1=Fivenson |prénom2=Sofie |nom2=Lautrup |prénom3=Nuo |nom3=Sun |prénom4=Morten |nom4=Scheibye-Knudsen |titre=Mitophagy in neurodegeneration and aging |périodique=Neurochemistry International |volume=109 |date=2017-10 |pmid=28235551 |pmcid=PMC5565781 |doi=10.1016/j.neuint.2017.02.007 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0197018617300955 |consulté le=2020-01-13 |pages=202–209 }}</ref><sup>,</sup><ref>{{Article |langue=en |prénom1=H. |nom1=Chen |prénom2=D. C. |nom2=Chan |titre=Mitochondrial dynamics-fusion, fission, movement, and mitophagy-in neurodegenerative diseases |périodique=Human Molecular Genetics |volume=18 |numéro=R2 |date=2009-10-15 |issn=0964-6906 |issn2=1460-2083 |pmid=19808793 |pmcid=PMC2758711 |doi=10.1093/hmg/ddp326 |lire en ligne=https://academic.oup.com/hmg/article-lookup/doi/10.1093/hmg/ddp326 |consulté le=2020-01-13 |pages=R169–R176 }}</ref>.
+* le fonctionnement des [[Neurone|neurones]]. Les mitochondries étant particulièrement actives dans ces cellules, leur renouvellement joue un rôle essentiel pour empêcher un stress oxydatif trop important et la dégénérescence<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Elayne M. |nom1=Fivenson |prénom2=Sofie |nom2=Lautrup |prénom3=Nuo |nom3=Sun |prénom4=Morten |nom4=Scheibye-Knudsen |titre=Mitophagy in neurodegeneration and aging |périodique=Neurochemistry International |volume=109 |date=2017-10 |pmid=28235551 |pmcid=PMC5565781 |doi=10.1016/j.neuint.2017.02.007 |lire en ligne=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0197018617300955 |consulté le=2020-01-13 |pages=202–209 }}</ref>{{,}}<ref>{{Article |langue=en |prénom1=H. |nom1=Chen |prénom2=D. C. |nom2=Chan |titre=Mitochondrial dynamics-fusion, fission, movement, and mitophagy-in neurodegenerative diseases |périodique=Human Molecular Genetics |volume=18 |numéro=R2 |date=2009-10-15 |issn=0964-6906 |issn2=1460-2083 |pmid=19808793 |pmcid=PMC2758711 |doi=10.1093/hmg/ddp326 |lire en ligne=https://academic.oup.com/hmg/article-lookup/doi/10.1093/hmg/ddp326 |consulté le=2020-01-13 |pages=R169–R176 }}</ref>.
 == Rôle contre les virus ==
 Le virus est obligé d'utiliser le matériel cellulaire pour se faire dupliquer. L'autophagie (virophagie) est l'une des voies majeures de la défense de l'organisme (unicellulaire ou pluricellulaire) contre les virus.
-Certains virus ont cependant au cours de l'évolution ou en co-évolulant avec leur hôte développé des mécanismes de contournement de l'immunité, dont en inhibant le processus autophagique ou en lui échappant.
+Certains virus ont cependant, au cours de l'évolution ou en co-évolulant avec leur hôte, développé des mécanismes de contournement de l'immunité, dont en inhibant le processus autophagique ou en lui échappant.
 Certains virus ([[coronavirus]] par exemple)<ref>{{Lien web |langue=en |nom1=Cottam |prénom1=Eleanor M. |nom2=Maier |prénom2=Helena J. |titre=Coronavirus nsp6 proteins generate autophagosomes from the endoplasmic reticulum via an omegasome intermediate |url=http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/auto.7.11.16642 |site=Autophagy |date=2011-11 |issn=1554-8627 |pmid=21799305 |pmcid=PMC3242798 |doi=10.4161/auto.7.11.16642 |consulté le=2020-05-22 |page=1335–1347}}</ref> exploitent même tout ou partie du mécanisme d'autophagie pour leur réplication.
-Quand c'est le cas l'autophagie pourrait peut-être devenir l'une des cibles d'interventions thérapeutiques nouvelles, comme l'ont proposé Didac Carmona-Gutierrez & al. (2020) dans le cadre de la lutte médicamenteuse contre le [[Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère|SARS-CoV-2]] responsable de la [[pandémie de Covid-19]]<ref name="GC & B" />.
+Quand c'est le cas, l'autophagie pourrait peut-être devenir l'une des cibles d'interventions thérapeutiques nouvelles, comme l'ont proposé Didac Carmona-Gutierrez & al. (2020) dans le cadre de la lutte médicamenteuse contre le [[SARS-CoV-2]] responsable de la [[pandémie de Covid-19]]<ref name="GC & B" />.
-== Rôle dans le Cancer ==
+== Rôle dans le cancer ==
 L’identification de molécules impliquées dans le contrôle et l’exécution de l’autophagie a mis en lumière une étroite relation entre l’autophagie et la progression [[tumeur|tumorale]]. Les cellules cancéreuses présentaient généralement une capacité autophagique plus réduite que les cellules normales. Le rôle anti-tumoral de l’autophagie est suggéré par son implication dans la réduction de l’instabilité [[chromosome|chromosomique]], de la prolifération et de l’inflammation des cellules tumorales. L’autophagie peut aussi être un mécanisme pro-tumoral en permettant la survie des cellules tumorales exposées à des variations de leur micro-environnement (hypoxie, carence nutritionnelle…). Le processus autophagique est induit en réponse à divers traitements anti-cancéreux. Cette réponse peut s'avérer être un mécanisme permettant la survie des cellules, ou favorisant et amplifiant la mort induite par ces traitements.
+Une étude publiée en 2018 montre que le [[jeûne intermittent]] peut protéger les cellules normales de la toxicité des agents [[anticancéreux]], en réduisant les effets secondaires chez les patients et en augmentant les effets néfastes de la [[chimiothérapie]], de la [[radiothérapie]] et de la [[thérapie ciblée]] sur les cellules tumorales<ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6257056//</ref>.
 == Rôle contre les maladies neurodégénératives ==
-Une caractéristique commune à de nombreuses [[maladie neurodégénérative|maladies neurodégénératives]] est l’accumulation de protéines mutées ou toxiques et leur agrégation dans le cytoplasme. Ces maladies sont désignées sous le terme de {{citation|[[protéinopathies]]}} et comprennent notamment la [[maladie de Huntington]], la [[maladie d'Alzheimer]] ou la [[maladie de Machado-Joseph]] (SCA-3). Ces agrégats de protéines anormales se formeraient, par exemple, à la suite d'une diminution de l’activité du [[protéasome]]. Leur présence entraîne une augmentation de cette autophagie induite qui, dans les premiers stades de la maladie, est assez efficace pour assurer leur élimination. Cependant, à un stade plus avancé, l’autophagie induite n’est plus suffisante, et des inclusions protéiques se forment dans les cellules ; la stimulation de l’autophagie (par un agent pharmacologique) pourrait s’avérer efficace pour éliminer ces inclusions et ainsi lutter contre la neurodégénérescence. Dans le cas de la maladie de Machado-Joseph (SCA-3, Spino Cerebellar Ataxia - 3), cette technique de stimulation de l'autophagie est actuellement étudiée par les équipes de Luis Pereira de Almeida, {{lang|en|Center for Neurosciences and Cell Biology, University of Coimbra}}, Largo Marquês de Pombal, 3004-517 Coimbra, Portugal<ref>{{Lien web | langue = en | url = http://brain.oxfordjournals.org/content/early/2011/04/07/brain.awr047.abstract | titre = {{lang|en|Overexpression of the autophagic beclin-1 protein clears mutant ataxin-3 and alleviates Machado–Joseph disease}} | année = 2011 |date= {{1er}} février  2011}}.</ref>.
+Une caractéristique commune à de nombreuses [[maladie neurodégénérative|maladies neurodégénératives]] est l’accumulation de protéines mutées ou toxiques et leur agrégation dans le cytoplasme. Ces maladies sont désignées sous le terme de {{citation|[[protéinopathie]]s}} et comprennent notamment la [[maladie de Huntington]], la [[maladie d'Alzheimer]], la [[maladie de Parkinson]] ou la [[maladie de Machado-Joseph]] (SCA-3). Ces agrégats de protéines anormales se formeraient, par exemple, à la suite d'une diminution de l’activité du [[protéasome]]. Leur présence entraîne une augmentation de cette autophagie induite qui, dans les premiers stades de la maladie, est assez efficace pour assurer leur élimination. Cependant, à un stade plus avancé, l’autophagie induite n’est plus suffisante et des inclusions protéiques se forment dans les cellules ; la stimulation de l’autophagie (par un agent pharmacologique) pourrait s’avérer efficace pour éliminer ces inclusions et ainsi lutter contre la neurodégénérescence<ref>{{Article |prénom1=Mathieu |nom1=Bourdenx |prénom2=Benjamin |nom2=Dehay |titre=Autophagie et cerveau: Le cas des maladies neurodégénératives |périodique=médecine/sciences |volume=33 |numéro=3 |date=2017-03 |issn=0767-0974 |issn2=1958-5381 |doi=10.1051/medsci/20173303013 |lire en ligne=http://www.medecinesciences.org/10.1051/medsci/20173303013 |consulté le=2021-05-26 |pages=268–274 }}</ref>. Des perturbations initiales de la voie autophagique ont aussi été étudiées, par exemple dans le cas de la maladie de Machado-Joseph, avec la mise en évidence d'un niveau insuffisant de la protéine [[bécline 1]] <ref>{{Article |langue=en |prénom1=Isabel |nom1=Nascimento-Ferreira |prénom2=Tiago |nom2=Santos-Ferreira |prénom3=Lígia |nom3=Sousa-Ferreira |prénom4=Gwennaëlle |nom4=Auregan |titre=Overexpression of the autophagic beclin-1 protein clears mutant ataxin-3 and alleviates Machado–Joseph disease |périodique=Brain |volume=134 |numéro=5 |date=2011-05-01 |issn=0006-8950 |doi=10.1093/brain/awr047 |lire en ligne=https://academic.oup.com/brain/article/134/5/1400/284332 |consulté le=2020-09-05 |pages=1400–1415 }}</ref>.
 == Notes et références ==